关于试管婴儿的健康问题，近几年全球都有较大规模的调查和研究，结果显示由试管婴儿技术出生的孩子与自然受孕出生的孩子相比，在出生缺陷、生理发育、智商等方面并无显著差异。但是也有学者发现试管婴儿中，低出生体重风险增加，这可能与试管婴儿多胎的发生率较高，从而导致的早产、低体重等并发症有关，并不一定归结于试管婴儿技术本身。
实际上试管婴儿技术经过40多年的发展，全球范围内已诞生约800万试管婴儿宝宝，一批试管婴儿也已经成人，孕育了自己健康的宝宝。值得注意的是，不少研究也表明，试管婴儿宝宝在认知能力、社交能力、情商和心智发育等方面都要略高于自然受孕的宝宝。下面我就以我中心2014年1月1日至2020年9月30日的随访数据来分析一下试管婴儿的安全性问题。这期间我中心新鲜周期移植共出生胎儿数16287，出生缺陷率1.11%；冷冻移植共出生胎儿数19173，出生缺陷率0.99%，而据国家卫健委不完全统计显示，我国的出生缺陷发病率约为5.6%。从上面的数据，我们不难看出不管是新鲜移植还是冷冻移植，试管婴儿的出生缺陷率都明显低于自然受孕婴儿，当然这还需要长期的多中心大样本量的研究支持。
另外，试管婴儿技术中使用到的配子和胚胎都是经过胚胎学家精挑细选出来的，如果父母双方或一方为染色体异常或携带遗传病基因，还可以在胚胎移植前通过第三代试管婴儿技术对携带的遗传性疾病和染色体疾病进行筛查，淘汰掉携带有父母遗传疾病和问题基因的胚胎，降低缺陷患儿的出生率。
