第二代试管婴儿缺点与人为操作有关，正常情况下，胎儿皆为自然受孕情况下出生。而任何技术皆存在缺点，具体缺点如下：
1、试管婴儿操作时，将精子注入卵子可对精子内部造成稍许损伤，但肉眼无法看出；
2、第二代试管婴儿受精率高，但优胚率、囊胚率及妊娠率，与新鲜试管婴儿差别不大；
3、流产率约高于5%，高于体外一代试管婴儿。
第二代试管婴儿费用呢，主要包括三部分的费用：
一个是术前的检查费用。
第二是促排卵药物的费用以及手术的费用，通常大概是在3万元左右，不过试管婴儿费用也和患者的身体具体情况有着不可分割的关系。术前检查的主要查患者有没有全身性的一些疾病和生殖器官的疾病，确定有无适应症和禁忌症。第二部分是促排卵药物的费用呢，它有进口药和国产药，而二者的差别也很大，同时试管婴儿患者年龄越大用药量也就越大，导致的费用相应的也会增加。
另外就是手术以及实验室操作的费用。这部分费用也是非常与治疗的结果有非常直接的关系，手术的费用含和医院的选择有关系，要选择通过卫生厅审核的试管婴儿医院，不仅在成功率上有保证，而且还会节约一部分费用。
