做试管婴儿的最后一个步骤是把胚胎轻轻地放入子宫内举例宫腔底1~2厘米处。但是移植到子宫内的胚胎不是马上着床的，它会在子宫内游走，离开放置的区域，另外在子宫内膜上寻找合适的地方着床。如果恰巧胚胎游走到输卵管，又恰巧女方输卵管有不通畅、出血、粘连等情况，让胚胎可进不可出，这就迫使胚胎在输卵管种植，宫外孕就发生了。

试管婴儿后的宫外孕与输卵管引起的不孕、腹腔及宫腔手术、此前宫外孕手术史及感染史有关。吸烟、既往宫外孕史、上过环、盆腔或腹部手术史、多次妊娠以及多个性伴侣都是危险因素，这些都会增加发生宫外孕的概率。