第二代试管婴儿并不意味着比一代试管技术更好，只是针对的人群不同，二代试管主要针对的是男性因素导致的不孕，比如严重少弱精、精子畸形率高等情况，但再先进的技术也是会存在一定缺陷的，通过二代试管技术怀孕并生下的孩子，还是有一定可能出现遗传疾病导致畸形等。
第二代试管婴儿的缺点
由于现在男性不育的人群越来越多，具体表现为精子的活动能力下降、死精子增多、严重的少精症、无精症等，虽然是可以通过二代试管婴儿进行的，只需要获取一颗健康的精子，就有可能成功怀孕，但二代试管还是存在一定缺陷的，比如：
- 因为二代试管是挑选单个优秀精子，人为地注射到卵子里面，属于强制受精，因此在精子注入卵子的过程中可能对精子内部结构造成少许损伤;
- 因为受精移植是通过肉眼观察来确定移植的精子质量，所以可能会误认为存在缺陷的精子被认为食优秀的精子而进行受精;
- 二代试管的受精率虽然高，但优胚率、囊胚率以及妊娠率，可能比一代概率稍低;
- 第二代试管婴儿的流产率要比一代高。
第二代试管宝宝畸形的原因
因为二代试管不能筛选遗传病，所以就导致胎儿可能会有母体或者父亲身上的遗传疾病，从而导致胎儿出现畸形，所以一定要做好预防措施，孕期也要做好定期产检，尽量避免可能会导致胎儿畸形的原因，比如：
- 染色体异常，双方的精子和卵子都有排异的情况，染色体存在异常，所以在胚胎形成之后，可能会出现畸形;
- 高龄产妇，女性的卵细胞的质量会随着年龄发生一定程度的退化，而且在染色体方面变异、出现畸形的几率也很高;
- 多胎妊娠，多胞胎是特别容易导致出现宝宝畸形的，而且在器官方面出现问题的几率也会比较大;
- 病毒感染，妊娠期感染病毒后可引起流产、早产、死胎、宫内发育迟缓及低体重儿，对存活的胎儿可导致先天畸形及其它系统改变。
