第二代试管婴儿缺点与人为操作有关，正常情况下，胎儿皆为自然受孕情况下出生。而任何技术皆存在缺点，二代试管操作时，将精子注入卵子可对精子内部造成稍许损伤，但肉眼无法看出，虽然第二代试管婴儿受精率高，但优胚率、囊胚率及妊娠率，与新鲜试管婴儿差别不大，而且流产率约高于5%，高于体外第一代试管婴儿，会对女性的身体造成影响。

二代试管的弊端及缺点

为了让精子更容易与卵子结合，通过特殊方法将精子直接注入卵子，直接制成受精卵，这种方法产生的胚胎和婴儿被称为第二代试管婴儿，因此二代试管主要适用于男性，比如精子异常、少精、弱精、精子畸形的男性，或者精子活力不足的患者，下面是二代试管的弊端：

1、第二代试管婴儿是人工注入卵子，属于强制受精，单精子注射过程中，可能会对精子内部结构造成一点损伤；

2、二代试管婴儿成功的概率取决于男性精液的质量，如果男性精液质量差，成功的概率会很低，可能会导致女性多次出现流产；

3、第二代试管婴儿选择了单个质量较好的精子，再注射入卵子，这属于强制受精，虽然这样受精率比较高，但是囊胚率、优胚率以及妊娠率，很有可能比第一代的几率偏低。

第二代试管婴儿虽然有一定的好处，但也存在一些不足之处，如果男方精液质量较好，一般没必要做第二代，选择第一代还是第二代，要根据自己的具体情况来判断，而且要在专业医生的建议下决定，不要太纠结。