自然周期一般多久移植胚胎，主要取决于排卵时间和移植胚胎的类型。一般来说，自然周期鲜胚移植一般在取卵后的第三天就可以进行移植，而自然周期囊胚移植一般在取卵后的5-6天进行，因为囊胚是在鲜胚基础上又培养了2-3天所得到的胚胎。由于每位女性的月经周期并非都是正常的，所以具体的移植时间也是因人而异的。

自然周期进行胚胎移植，由于没有用药干预，需检测卵泡发育情况，一般在月经第6-8天开始监测卵泡发育和子宫内膜情况。当卵泡≥14mm时，需每天监测卵泡直到排卵，以防发生提前排卵或卵泡排出障碍的情况。为尽量模拟自然受孕的过程，增加胚胎和子宫内膜、胚胎和体内雌孕激素水平的同步性，一般于排卵后3天移植卵裂期第3天的胚胎，排卵后第5天移植囊胚期第5天的胚胎。

自然周期一般适用于月经规律、雌孕激素水平正常的女性，即便是自然周期移植胚胎，在移植术后也需遵医嘱进行黄体支持治疗。移植后需放松心态、避免剧烈运动、劳累过度，需饮食均衡、少吃辛辣刺激性食物，避免感冒、便秘等情况发生，一定程度上有助于胚胎着床。