通过三代试管怀孕后做羊穿检查不合格的几率是非常小的，可能在1%左右。虽然说三代试管在胚胎移植前会对其进行筛查，选择正常的胚胎进行移植，但毕竟还是有一定的局限性，因为胚胎在母体中仍然会有染色体畸变的风险，所以为了双重保障，在三代试管后都需要再做个羊水穿刺检查，确保胎儿的健康。不过通常羊水穿刺不合格的几率都很小，各位孕妈妈们不用太过担心。

三代试管又叫“胚胎植入前遗传学诊断/筛查（PGD/PGS）”因为在移植时就已经从根源上淘汰了致病基因，移植的健康胚胎，所以在一定程度上保障了宝宝的健康，做完三代试管再进行羊穿的通过率是相当高的。不过极少数人做三代试管后还是会出现羊穿异常的情况，这样是以下几点导致：

1、因为目前三代试管技术并不能做到百分百筛查出异常染色体的胚胎，还是一定局限性的，可能会出现漏筛等情况，女性在做羊水穿刺检查时，就可能会出现不通过的情况；

2、如果女性通过三代试管怀孕后，生活的环境差经常接触放射性物质和化学物质的话，就有可能导致胎儿发生异常，出现羊水穿刺不通过的情况；

3、另外，如果女性在怀孕后出现发烧、感冒等症状，那么自身的免疫力就会有所下降，一些外界的病毒就会对胎儿造成影响，导致羊穿检查的不合格。

目前三代试管还不能完全区分是否存在嵌合体胚胎，所以也存在胎儿发育畸形的可能，如果胎儿有染色体异常，会导致智力障碍、行为异常或器官畸形，不利于胎儿的健康发育，孕期一定要做好检查，然后根据检查结果选择是否终止妊娠。

一般来说，三代试管婴儿怀孕后很少有羊穿失败的情况，孕妈妈不要太担心这个问题，试管婴儿羊穿通过率比较高，但不是每个人都要做羊穿，一般对于有羊穿指征的孕妇，医生会根据实际情况推荐羊膜腔穿刺术，虽然披着羊穿有一定风险，但是目前正规医院的技术还是比较让人放心的，但是第三代试管一般会做无创，只有结果显示有风险才会建议做羊膜穿刺。